Die Hof- und Kaisermühlen werden erstmals 1674 schriftlich erwähnt.
Bis zur Donauregulierung 1875 liegt Kaisermühlen am rechten Donauufer und besitzt eine eigenen Schiffsanlegestelle.
1850 wird Kaisermühlen Teil des II. Bezirks
1938 wird Kaisermühlen Teil des XXII. Bezirks in Groß-Wien.